Автоантитела срещу протеини от коагулационната каскада, напр. протромбин или анексин V могат да бъдат намерени при пациенти с APS и резултати отрицателни за други фосфолипидни антитела.
При първичните APS автоантитела срещу фосфолипидите се появяват самостоятелно, докато във вторичните APS фосфолипидни антитела се откриват заедно с други автоимунни заболявания като лупус еритематозус, ревматоиден артрит или синдром на Сьогрен (Sjogren).