Серотонин (5-хидрокситриптамин- 5-HT) Важен невротрансмитер, както в централната нервна система, така и в периферната, където действа като вазоконстриктор. Има значима роля в контрола на : кръвното налягане, настроението, съня, апетита, паметта и др. Измерването на серотонин, обаче в кръвта не отразява пряко нивото му в мозъка. Серотонинът се съдържа основно в хромафинните клетки на гастроинтистиналния тракт, където е част от гастроинтестиналната хормонална система. 97 % от освободения в кръвта серотонин се усвоява от тромбоцитите. Серотонинът се деаминира посредством моноамино оксидаза (МАО) и се окислява посредством алдехид дехидрогеназа (ALDH) до основен краен продукт 5 хидроксииндолоцетна к-на (5-HIAA).

При съмнение за серотонин продуциращи тумори (невроендокринни тумори, карциноиди) в гастроинтестиналния тракт. При симптоми като: зачервяване, топли вълни, колики, диария, затруднено дишане, палпитации. Обичайно се измерва серотонин в кръв или 5-HIAA в урина. Серотонинът в урината се повишава само при някои видове карциноиди. Изследване на серотонин в кръв или урина не е подходящо за търсене на серотонинов дефицит! Пониженият серотонин се асоциира с депресивни състояния, но засега няма дефинитивен лабораторен тест, който да диагностицира тези състояния, единствено на базата на измерванията на нивата му.